四川柑橘根系的主要作用是將樹體固定不動在土壤層中，消化吸收水份，礦物；代謝檸檬酸，使土壤層中難溶解水的化學物質變為可溶強電解質的化學物質，有利于根系消化吸收；生成生長激素；存儲營養元素；繁育新主莖。柑橘根系主要遍布在距土層10~50公分的土壤層中，約占總根量的80%之上，特別是在樹干滲水周邊的土壤層中遍布更為聚集。

叢枝菌根是土壤層中的叢枝菌根細菌與柑橘根系產生的共生體，其相互依存主要表現在綠色植物為叢枝菌根提供生長發育所需糖分，相反叢枝菌根協助綠色植物消化吸收水份和營養物質。因為有叢枝菌根的幫助，柑橘根系吸收力大大的提高，非常是提升了對磷的使用率.在我國紅土壤層由于磷被固定不動,柑橘園呈廣泛缺磷的狀況,假如打疫苗菌根細菌,可明顯提升柑橘對磷鉀肥的使用率。

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